A fost construită în a doua jumătate a secolului al XIV-lea de către Cuviosul Dionisie, care mai întâi a fost călugăr la Mănăstirea Filoteu, unde era stareț fratele lui, Teodosie. Mai târziu, Cuviosul Dionisie s-a retras aproape de Micul Aton, unde s-a nevoit o perioadă de timp. Din cauza vânturilor puternice și a frigului, a coborât aproape de mare, în partea de apus a Peninsulei, puțin mai sus de unde se află astăzi mănăstirea. Acolo, a zidit o biserică în cinstea Sfântului Ioan Botezătorul. Adunându-se mulți ucenici în jurul său, a fost nevoit să zidească mai multe colibe. De aceea a și fost numit «Starețul Colibașilor».
Numărul fraților se înmulțea din ce în ce mai mult. Într-una din nopți, stând cuviosul la rugăciune, a văzut un stâlp de foc care se înălța până la cer. Acest lucru l-a văzut de mai multe ori. Prin aceasta, s-a încredințat că pe locul acela e voia lui Dumnezeu să se zidească o mănăstire.
Fiind ajutat de fratele său (care acum ajunsese Mitropolit al Trapezundei) și de împăratul Alexie al III-lea Comnenul a zidit mănăstirea, în cinstea Sfântului Ioan Botezătorul, pe locul care se chema Vulevtiria și pe care văzuse el stâlpul de foc. În anul 1390, Cuviosul Dionisie, fiind în Trapezunda cu treburile mănăstirii, s-a mutat la Domnul, având vârsta de 72 de ani.
În această mănăstire s-a nevoit și s-a mutat la Domnul, tot la vârsta de 72 de ani și Sfântul Ierarh Nifon, Patriarhul Constantinopolului, fost Mitropolit al țării Românești.
Acesta s-a născut în anul 1435 în Peloponez, Grecia. După ce a învățat Sfintele Scripturi, s-a lepădat de cele lumești, luând jugul lui Hristos. A stat o perioadă pe lângă doi părinți duhovnicești, după care a venit în Sfântul Munte Athos, prin descoperire dumnezeiască. Un timp la petrecut la Mănăstirea Cutlumuș, iar apoi a mers la Marea Lavră și la Mănăstirea Dionisiu. Era foarte înțelept și plin de fapte bune. Într-o noapte, pe când se ruga, a fost văzut de un călugăr bătrân, cu numele Petronie, că era cuprins tot de foc. În anul 1483 a fost ales Mitropolit al Tesalonicului, iar în 1486 este ales Patriarh al Constantinopolului. După doi ani este schimbat și se retrage la un schit, întemeiat de el. În anul 1500 este chemat de domnul muntean Radu cel Mare și numit Mitropolit al țării Românești. După cinci ani de păstorire, s-a ivit o neînțelegere între domn și mitropolit: Radu a dat de soție pe sora sa unui boier, care avea în Moldova soție și copii. Auzind de această nelegiuire, Nifon l-a mustrat aspru pe domn, spunându-i că el, ca întâi-stătător nu este bine să dea pildă rea supușilor săi. În loc să se înțelepțească, domnitorul i-a răspuns: „Tu vezi-ți de ale tale și nu te băga în treburile mele!”. Sfântul i-a zis: „Oare așa ne-a fost înțelegerea când m-ai rugat să vin și să pun rânduială în țara aceasta?”. Atunci domnitorul l-a alungat fără de cinste și a dat poruncă să nu-l mai cinstească nimeni ca mitropolit și nici să-i dea adăpost. Nifon a zis: „Rău faci, încălcându-ți făgăduința. Eu voi pleca, dar peste țara aceasta vor veni mari necazuri și mă veți căuta, dar eu nu voi mai fi în viață”. S-a retras într-o colibă, la o margine de pădure, nevoindu-se călugărește și lăsându-se cu totul în voia lui Dumnezeu. Aici era cercetat din când în când de către fiul domnitorului, Neagoe, pe care Sfântul îl povățuia cum să conducă poporul atunci când va ajunge domn, lucru care se va împlini mai târziu.
După un timp, Nifon vine din nou în Sfântul Munte, la Mănăstirea Vatopedu, iar după puțină vreme se duce la mănăstirea sa, Dionisiu, nespunând nimănui cine este. Aici era rânduiala ca noii începători să slujească un timp la catârii mănăstirii. Deci, a primit și Sfântul Nifon această ascultare, cu toate că era bătrân și slăbit de atâtea osteneli și necazuri.
Într-una din nopți, Sfântul Ioan Botezătorul s-a arătat starețului și i-a zis: „Adună pe frați și ieșiți în întâmpinarea Patriarhului Nifon, că-i ajunge lui atâta smerenie”.
Dimineața, pe când Sfântul venea cu catârii aducând lemne, clopotele au început să bată singure, iar starețul cu obștea i-au ieșit înainte și căzând la picioarele lui, i-au zis:
– Ajunge, sfinte al lui Dumnezeu, atâta smerenie și ne iartă pe noi păcătoșii, că nu te-am recunoscut!
Sfântul a mai trăit câțiva ani în mănăstire, timp în care a povățuit și a ajutat duhovnicește pe toți. Odată, venind frații cu corabia plină de alimente, nu o puteau trage la mal din cauza furtunii. Atunci Sfântul, urcându-se în corabie și-a ridicat mâinile la rugăciune și îndată s-a potolit furtuna. Apoi, binecuvântând o ancoră care se afla în corabie le-a zis că de câte ori vor fi în primejdie, să o coboare în mare și marea se va liniști. De atunci, de câte ori se aflau în primejdie, îndată frații strigau: „Aruncați pe Nifon în mare!”. Și aruncând ancora, îndată se liniștea marea.
După plecarea Sfântului Nifon din țara Românească, au început mari tulburări și necazuri, după proorocia Sfântului. Domnul Radu s-a îmbolnăvit de o boală nevindecabilă și i s-a găurit tot trupul. Atunci a trimis să-l caute pe Sfântul Nifon, dar l-au aflat trecut la cele veșnice. Radu a murit în chinuri și a fost îngropat la Mănăstirea Dealu, ctitoria sa. După îngropare, trei zile și trei nopți i s-a cutremurat mormântul (precum oarecând împărătesei Eudoxia, prigonitoarea Sfântului Ioan Gură de Aur). Atunci frică mare a cuprins pe tot poporul și ziceau că pentru izgonirea Sfântului Nifon s-au întâmplat toate acestea.
După ce Neagoe Basarab a ajuns la domnie, a adus cu cinste Moaștele Sfântului Nifon de la Sfântul Munte în țara Românească, le-a pus pe mormântul domnitorului Radu și a dat poruncă să se facă Priveghere de toată noaptea. În timpul Privegherii, ațipind domnitorul puțin, din cauza ostenelii, a văzut în vedenie că s-a deschis mormântul lui Radu și se vedea trupul lui negru și rău mirositor, curgând din el puroi și putreziciune. Neputând domnitorul să sufere acea priveliște, s-a rugat Sfântului să-și facă milă de nefericitul Radu. Deodată, vede o apă curată ieșind din racla Sfântului Nifon și pe Sfânt, care spăla trupul lui Radu. După spălare, Radu a devenit frumos și strălucit. Apoi l-a închis din nou în mormânt și venind spre Neagoe, i-a zis: „Iată, fiule, că am ascultat rugăciunea ta. Îți mai poruncesc să ai pace întotdeauna cu poporul tău, iar moaștele mele să le trimiți din nou la mănăstirea mea, pentru mângâierea fraților ce viețuiesc acolo”. Acestea spunând, a intrat iarăși în raclă.
Deșteptându-se domnitorul Neagoe, a dat slavă lui Dumnezeu și Sfântului Nifon. Apoi, cu voia părinților de la Dionisiu care însoțeau moaștele, a oprit capul și mâna Sfântului Nifon și a dat în locul acestora mâna dreaptă a Sfântului Ioan Botezătorul, îmbrăcată în aur foarte frumos lucrat. Celelalte moaște ale Sfântului le-a pus într-o raclă de aur și le-a trimis înapoi la Dionisiu.
Cât a trăit, domnitorul Neagoe Basarab purta totdeauna cu el capul și mâna Sfântului Nifon; după moarte le-a închinat Mănăstirii Curtea de Argeș, ctitoria sa. În prezent, aceste sfinte moaște se află la Mitropolia din Craiova.
Neagoe Basarab a ajutat Mănăstirea Dionisiu, construind turnul acesteia. Pe 25 octombrie 1535 mănăstirea a ars aproape în întregime. Atunci, domnitorul Moldovei, Petru Rareș a refăcut toată partea dinspre răsărit. Iar partea dinspre mare, cu tot ce se vede până astăzi, a fost făcută de la temelie de fiica lui Petru Rareș, doamna Ruxandra, dimpreună cu soțul ei, Alexandru Lăpușneanu. Mai târziu, doamna Ruxandra a răscumpărat toate metoacele și moșiile mănăstirii, care fuseseră răpite de sultanul turcilor, Selim al II-lea.
În Paraclisul lipit de pronaos, se află icoana Maicii Domnului numită «Acatist», care a fost pictată de Sfântul Evanghelist Luca.
În anul 1592, pirații au furat această icoană. Într-o noapte, șeful piraților a avut o vedenie înfricoșată, cu Judecata de apoi. Apropiindu-se cu tovarășii lui de cutia unde se afla icoana și deschizând-o, au aflat icoana plină de mir binemirositor. Vedenia și minunea i-au înspăimântat atât de tare, încât au întors icoana înapoi la mănăstire, iar ei s-au făcut monahi, plângându-și până la sfârșitul vieții lor păcatele făcute.
Altădată, venind alți pirați și răpind icoana, au pus-o în corabie într-o cutie unde aveau puse mai multe odoare furate. În timpul nopții, vede șeful piraților în somn pe Maica Domnului zicându-i: „Pentru ce, vicleanule, m-ai închis în cutie? Întoarce-mă înapoi de unde m-ai luat!”.
Deșteptându-se piratul, nu a luat în seamă cele văzute în vis, dar în scurt timp s-a ridicat o furtună năprasnică, care împingea corabia înapoi spre mănăstire, înfricoșându-se, căpetenia piraților a mers la cutia unde se afla icoana. A deschis-o și a aflat icoana plină de mir binemirositor.
Ajungând aproape de mănăstire, au tras corabia la liman și a trimis rugăminți părinților din mănăstire, să vină să ia înapoi sfânta icoană. Auzind părinții, s-au umplut de bucurie și îmbrăcându-se preoții în veșminte, cu lumânări aprinse în mâini, au ieșit la malul mării, să întâmpine icoana. Mulți dintre pirați, văzând această minune s-au întors de la faptele lor cele rele.
În momentul de față, la Mănăstirea Dionisiu sunt înjur de 40 de călugări.
Sursa: de Monah Pimen Vlad: Sfantul Munte Athos Gradina Maicii Domnului. Editia a II-a, revizuita si adaugita.